確定申告の医療費控除とは？対象や申請のやり方、書き方を解説

医療費控除とは、１年間に支払った医療費などに応じて所得控除を受けられる税制優遇制度です。

医療費控除の対象となる費用は、実際にかかった治療費のほか、入院費用や入院中の食事代、通院のための交通費など、治療や療養を目的とした医療費などです。

ただし、医療費控除を受けるには、以下の要件を満たさなければなりません。

また、医療費控除を受ける際の手続き方法は、雇用形態や所得によって異なります。
というのも、下記の表１のように、医療費控除は年末調整で適用されないため、年末調整でほかの控除を受けた給与所得者であっても、確定申告の時期に、自身で手続きをする必要であるためです。

具体的に、給与所得者などの場合は、年末調整をした後に還付申告（払いすぎた税金を返してもらう）で医療費控除を受けます。
一方、個人事業主などは、確定申告で医療費控除を受けます。

なお、還付申告の申請期間は５年間です。たとえば、2024年分（令和６年分）の医療費控除の場合は、2025年（令和7年）１月１日（水）〜2029年12月31日（月）が申請期間となります。
申請期間内であれば、手続きを忘れていた年分を、さかのぼって申請することも可能です。

一方で、 確定申告で控除を受ける場合は、2025年2月17日（月）〜同年3月17日（月）に手続きをしなければなりません。
還付申告、確定申告いずれの場合も、すでに受けた控除の申請内容に誤りなどの変更があった際は、更正の請求にて修正手続きを行います。この期間は、還付申告と同様です。

医療費控除の対象の費用、対象外の費用

医療費控除は、支払ったすべての医療費が対象になるわけではありません。

原則、治療目的の医療行為に対して支払った費用が対象のため、たとえば、インフルエンザワクチンの予防接種など、病気の予防が目的のものは、対象外となります。
そのほか、美容目的の費用も対象外です。

以下の表２では、医療費控除の対象になる医療費、対象にならない医療費の一例を紹介していますので、参考にしてみてください。

なお、介護保険制度では、要介護者や要支援者が、看護師や保健師以外に在宅療養の世話を依頼した場合、その費用も医療費控除の対象になります。

医療費控除の対象となる医療費の詳細は、以下のページもご確認ください。
医療費控除の対象となる医療費（国税庁）
医療費控除の対象となる介護保険制度下での居宅サービス等の対価（国税庁）

医療費控除の特例である、セルフメディケーション税制とは？

医療費控除の特例として、セルフメディケーション税制（特定の医薬品購入額の所得控除制度）が導入されています。

セルフメディケーション税制とは、自身や生計を一にする家族のために、市販のスイッチOTC医薬品を購入した場合、購入額の一部で所得控除を受けられる制度です。
対象商品の年間購入額が12,000円を超えた場合に適用され、控除限度額は88,000円です。

ただし、医療費控除と併用できないため、控除を受ける際は、医療費控除かセルフメディケーション税制、いずれかを選択しなければなりません。

対象となるスイッチOTC医薬品とは、医師による処方箋がなくても薬局などで購入できる医薬品のことです。
たとえば、かぜ薬や胃腸薬、鼻炎用内服薬などがありますが、すべてのスイッチOTC医薬品がセルフメディケーション税制の対象になるわけではありません。
対象の医薬品などの詳細は、以下のページもあわせて、ご確認ください。
セルフメディケーション税制（特定の医薬品購入額の所得控除制度）について（厚生労働省）

また、対象医薬品の包装上には、以下の図３のようなマークが記載されている場合もあるため、目安として購入の際に確認してみるとよいでしょう。

図３ セルフメディケーション税制対象のマーク

なお、セルフメディケーション税制は、2026年（令和8年）まで適用される予定です。

医療費控除によって還付金として戻ってくる金額は、医療費控除額に、課税所得に応じた税率を掛け合わせることで算出できます。

医療費控除額の計算方法

還付金額を計算するにあたり、まずは医療費控除額を計算します。医療費控除額は、以下の図４の計算で算出でき、控除額の上限は200万円です。

図４ 医療費控除の計算式

上の図４のように、医療費控除額（�@）は、１年間に払った総医療費（�A）から、保険金などで補てんされた金額（�B）と、10万円もしくは総所得金額の５％（�C）を差し引くことで求められます。

ここからは、上の図４にある�A〜�Cの項目について、詳しく説明します。

�A １年間に支払った総医療費

その年の１月１日から12月31日までに支払った医療費を合計します。自身だけでなく、生計を一にする配偶者や親族などの医療費も合算可能です。
なお、その年に治療を受けていても支払いが翌年になる場合は、翌年の医療費控除の対象です。

�B 保険金などで補てんされる金額

民間の生命保険から治療目的で受け取った保険金などや、健康保険などから受け取った高額療養費、出産育児一時金などがある場合、それらを合計します。

保険金などの一例は、以下のとおりです。

�C 10万円もしくは総所得金額の５％

その年の総所得金額が200万円以上の場合は10万円、200万円未満の場合は総所得金額に５％を掛けた金額を、総医療費から差し引きます。

還付金の計算方法

還付金額は、「医療費控除額×課税所得に応じた税率」で求められます。
医療費控除額の計算方法がわかったところで、例に沿って還付金額を計算していきましょう。

まずは、以下の会社員Aさんの場合を例に、Aさんの医療費控除額を計算します。

会社員Aさんの場合

年収1,000万円（課税所得550万円）
医療費控除前の所得税（※）＋住民税＝125万円
※源泉徴収票に記載された源泉徴収税額

医療費控除額は、１年間に支払った総医療費から保険金などで補てんされた金額と、10万円もしくは所得金額の５％を差し引いた額です。
Aさんは総所得金額が200万円以上あるため、10万円を差し引きます。

�C入院時の差額ベッド代について、Aさんの場合は自己都合のため、医療費控除の対象外となり、合算できません。
よって医療費控除額は、医療費合計（�@ + �A + �B）から保険金などで補てんされた金額（�Aの８万円）、10万円を差し引いた18万円になります。

この医療費控除額18万円に、課税所得金額に応じた税率を掛け合わせると、Aさんの還付金額がわかります。

Aさんの課税所得金額は550万円のため、以下の表６から所得税率は20％となります。一方の住民税は、課税所得金額に関係なく一律10％です。

以上のことから、医療費控除額18万円に20％の所得税率を適用して、所得税は3万6,000円軽減されます。住民税は、控除額18万円に一律の10％を適用して、1万8,000円軽減され、合計で5万4,000円減税されることになります。

なお、累進課税制度によって、課税所得金額が高いほど所得税率は高くなります。そのため、課税所得金額の多い方が医療費控除を申請することで、より減税につながります。

医療費控除の対象項目や控除額の計算方法、還付金額の目安を見てきましたが、実際に、どのような手続きをすると医療費控除を受けられるのでしょうか。

ここからは、医療控除の手続きの流れを、順番に見ていきましょう。

医療費通知書や領収書など必要な書類を準備する

まずは、医療費控除を受けるために必要な書類を用意します。必要な書類は全部で４種類あり、「医療費控除に必要な書類」の項目で詳しく説明します。

なお、給与所得者など還付申告で医療費控除を受ける場合でも、確定申告の書類を使用します。

医療費控除の明細書、確定申告書を作成する

必要な書類をそろえた後、医療費控除の明細書と確定申告書第一表、第二表を作成します。
この３つの書類の書き方は、「医療費控除明細書と確定申告書の書き方」の項目で、書類の見本を見ながら詳しく説明します。

申請期間内に、税務署に提出する

記入が完了した書類は、原則、住民票のある住所を管轄する税務署に、申請期間内に提出します。提出方法は、以下の３つから選べます。

e-Taxを利用する場合は、スマートフォンやパソコンを使って、オンラインで手続きが可能です。詳しい提出方法は、「スマートフォンでの確定申告のやり方」で、説明します。

なお、提出の際にはマイナンバーカードの提示または写しの添付など、本人確認書類が必要です。

還付金を受け取る

申請手続き完了後、約１カ月〜１カ月半で還付金を受け取れます。

還付金は、指定した預貯金口座に振り込まれる方法、最寄りのゆうちょ銀行各店舗、もしくは郵便局に出向いて受け取る方法、２種類の受け取り方があります。

なお、個人事業主などが確定申告によって納税する場合、医療費控除を受けることで税額が減少し、納税額が軽減されます。

確定申告で医療費控除を受けるときに必要な書類は、以下の４つです。

・医療費通知
・医療費控除の明細書
・確定申告書
・源泉徴収票

医療費通知

医療費通知は、加入している健康保険組合などから届く、医療費の額などが記載された書類です。

医療費通知に記載されている内容は、以下の６項目です。

これらの記載内容に不足がない場合は、医療費通知を確定申告書に添付して提出することで、「医療費控除の明細書」の記入を簡略化できます。加えて、医療費の領収書などの保存も必要ありません。

一方で、記載内容に不足がある場合は、医療費控除の明細書に不足部分を補完して記入します。

なお、健康保険組合によっては、電子署名や署名の電子証明書がついた医療費通知を、インターネット上で確認、ダウンロードできる場合があります。

領収書などは５年間保管しておく必要がある

医療費の支払いを証明する領収書など書類は、申請時の提出は不要ですが、証拠として提示を求められる場合があるため、申請から５年間は保管する必要があります。

具体的には、2024年（令和6年）分の申請をする場合は、2025年１月１日〜2029年12月31日の５年間、保管しなければなりません。

医療費通知に記載のない医療費の領収書を紛失した場合、金額が証明できる書類を再発行してもらえるとはかぎらないため、紛失しないよう保管しておきましょう。

医療費控除の明細書

医療費控除の明細書は、その年に支払った医療費控除対象の医療費や交通費などの費用をまとめた書類です。

医療費通知の記載内容に不足がない場合でも、医療費控除の明細書に記入しなければならない項目があるため、医療費控除を受ける際は必ず作成します。

医療費控除の明細書は、税務署で直接入手するほか、以下からダウンロードできます。
医療費控除の明細書【内訳書】（国税庁）

なお、e-Taxを利用する場合は、国税庁のサイト「確定申告書等作成コーナー」で作成可能です。

確定申告書

確定申告書は、医療費控除を受ける際に、所得の種類にかかわらず記入、提出が必要な書類です。

税務署で直接入手するほか、以下からダウンロードできます。
確定申告書第一表、第二表（国税庁）

なお、e-Taxを利用する場合は、国税庁のサイト「確定申告書等作成コーナー」で作成可能です。

源泉徴収票

源泉徴収票は、給与から差し引かれた所得税や住民税などの金額が記載された書類です。主に給与所得者が受け取りますが、たとえば、他者から給与や報酬を受け取り、源泉徴収が行われている個人事業主なども、交付される場合があります。

確定申告書には、給与や税金の金額を正確に記載する必要があるため、源泉徴収票の内容を転記することになります。勤務先などから受け取った後、大切に保管しておきましょう。

ここからは、還付申告で医療費控除を受ける場合の、「医療費控除の明細書」「確定申告書第一表」「確定申告書第二表」の書き方を説明します。

医療費控除の明細書の記入方法

以下の図７の記入見本を見ながら、実際に医療費控除の明細書に記入しましょう。

なお、医療費通知の記載内容に不足がない場合は、医療費通知を添付して提出が可能なため、以下�@〜�Bの項目のみ記入します。

図７ 医療費控除の明細書【内訳書】の書き方

確定申告書第一表、第二表の記入方法

続いては、以下の図８、図９の記入見本を見ながら、確定申告書第一表、第二表に記入していきましょう。

図８ 確定申告書第一表の書き方

図９ 確定申告書第二表の書き方

提出書類の記入が完了したら、申請期間内に必ず提出します。

提出方法は、税務署に直接書類を持参する方法、書類を郵送する方法、電子申告システム（e-Tax）を利用する３つの方法があります。

ここでは、スマホを使ったe-Taxでの提出方法「マイナンバーカード方式」「ID・パスワード方式」について説明します。

詳しくは、「マイナポータル連携特設ページ（国税庁）」をご確認ください。

e-Taxを利用することで、税務署や金融機関に出向くことなく、スマホやパソコンから簡単に手続きを行えます。

確定申告を行う際に迷うことのないよう、スマホなどでの提出方法や、控除の手続き方法などを事前に確認するとよいでしょう。